母子公司間原即存在成本費用的分攤關係，這是國際稅務一直存在的議題，此觀所得稅法第四十三條之一之規定：「營利事業與國內外其他營利事業具有從屬關係，或直接間接為另一事業所有或控制，其相互間有關收益、成本、費用與損益之攤計，如有以不合營業常規之安排，規避或減少納稅義務者，稽徵機關為正確計算該事業之所得額，得報經財政部核准按營業常規予以調整。」我國稅法也承認這樣的關係，故子公司分攤母公司的成本費用是必然的，而稅務上所要處理的是，多少才符合營業常規。就此相關查核規定查核準則漏未規範，似可類推適用查核準則第62條、第70條第1項、第2項前段及第103條第1款等關於總、分公司攤計成本費用之規定，較符公平原則。 日前，最高行政法院98年度判字第720號判決：「五、本院查： (一)、按「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」及「經營本業及附屬業務以外之損失，或家庭之費用，及各種稅法所規定之滯報金、怠報金、滯納金等及各項罰鍰，不得列為費用或損失。」分別為行為時（下同）所得稅法第24條第1項及第38條所明定。次按「經營本業及附屬業務以外之費用及損失，不得列為費用或損失。」、「（第1項）中華民國境內外國分公司，分攤其國外總公司之管理費用，經查符合下列規定者，應予核實認定。一、總公司與分公司資本未劃分者。二、總公司不對外營業，而另設有營業部門者，其營業部門應與各地分公司共同分攤總公司非營業部門之管理費用。三、總公司之管理費用，未攤計入分公司之進貨成本，或總公司供應分公司之資金或其他財產，未由分公司計付利息或租金者。（第2項）前項分攤管理費用之計算，應以總公司與所屬各營業部門，或分支營業機構之營業收入百分比，為計算分攤標準，但其有特殊情形者，得申報該管稽徵機關核准採用其他合理分攤標準。」及「其他費用或損失：一、公會會費及不屬於以上各條之費用，皆為其他費用或損失。」分別為查核準則第62條、第70條第1項、第2項前段及第103條第1款所明文。再按「…貳、定義本公報用語定義如下： 母公司：指對被投資公司具有控制能力之公司。子公司：指被另一公司（即母公司）所控制之公司。控制能力：指直接及經由子公司間接持有一公司超過半數之普通股股權而言。聯屬公司：指母公司及其全部子公司之統稱。…參、說明…投資公司持有被投資公司普通股股權超過50%者，通常對被投資公司具有控制能力，即構成母子公司關係，此時子公司之經營政策由母公司決定。形式上，母子公司雖各為法律上之獨立個體，實質上係同一經濟個體。…」為財務會計準則公報第7號「合併財務報表」所規定。 (二)、原判決業已論明：有關成本及費用存在之事實，不論從證據掌控或利益歸屬之觀點，均應由主張扣抵之納稅義務人負舉證責任；本件上訴人主張系爭管理費用係與其本業或附屬業務相關之支出，自應由上訴人負舉證責任，惟上訴人未能提出逐項服務與其營業之必要關聯暨對應費用及計價標準等證據，被上訴人全數否准認列，核無上訴人主張之未注意有利上訴人之情事及有違比例、平等原則等情。且查核準則第70條規定之適用，限於二個組織在私法上係屬同一權利主體之情形，如總、分公司間，始得以一筆固定比例之金額來對應總公司之管理諮詢或其他服務；惟由財務會計準則公報第7號「合併財務報表」貳、定義及參、說明可知，本件上訴人股份100%（被上訴人初查認為99.99%）為FCI Asia公司持有，其與FCI Asia公司為母子公司，雖係財務會計上之「聯屬公司」，然於法律上各為獨立之個體，自不得以分攤方式，分攤FCI Asia公司之管理費用。又成本費用之核實認列，必須納稅義務人將其各筆成本費用依會計科目予以定性及歸類，且在審核時，要求所支付之現金或債權，與取得之貨物、權利及勞務間，有「一對一」之對應關係；本件上訴人與FCI Asia公司有關服務報酬給付約定，並非逐項，而係概括不分項目，以總計方式為之，亦即上訴人均以營收、人員、資產比例概括性計算給付管理費用，並未提示實際給付上開費用之對價逐筆明細計算內容，而無法逐筆就貨物或商品別、權利或勞務細項帳目查核勾稽，核與所得稅法第38條及查核準則第103條「其他費用」認列之規定不合。至上訴人89年度支付FCI Asia公司經營管理諮詢服務費92,676,483元經准予認列83,521,994元，其合約雖屬相同，惟具體給付內容本有不同，是不同年度所為之查核結果，自無所謂應予一致之理，遑論上訴人就該年度被剔除之管理諮詢服務費提起行政爭訟結果，亦經訴願決定機關認上訴人無法證明該等費用與其營業之關聯性，而駁回其訴願在案。另本件係上訴人就FCI Asia公司提供各項服務，所應給付之系爭費用是否屬上訴人經營本業及附屬業務之費用之問題，而非上訴人與FCI Asia公司相互間有關收益、成本、費用與損益之攤計，有無以不合營業常規之安排，規避或減少納稅義務者，自無所得稅法第43條之1規定之適用等情綦詳，本院核其所適用之法規與該案應適用之法規不相違背，與解釋判例亦無牴觸。又原判決業已敘明「本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法經本院（即原審法院）審酌後，核與本件判決結果均不生影響，故不再逐項論述」等語，是原判決已就上訴人在原審所提出之被上訴人應循中新租稅協定第21條情報交換規定，請求新加坡稅捐機關提供系爭服務報酬相關資料之攻擊方法，記載其法律上之意見，核無上訴人主張之不適用行政訴訟法第209條第3項規定之違法情事。另核其餘上訴意旨略謂：原判決認為被上訴人就上訴人不同年度所為之查核結果，無所謂應予一致之理云云，實有判決不適用行政程序法第6條之違法。原判決一方面謂FCI Asia公司為上訴人提供之服務內容，係FCI Asia公司為提高上訴人獲利能力，以其專業技術對上訴人進行策略規劃，他方面謂FCI Asia公司為上訴人提供之各項服務，與上訴人本業或附屬業務並無關聯，亦有判決理由矛盾之違法；另方面否准上訴人將其為取得系爭服務所給付報酬列報為費用，顯有不適用所得稅法第24條第1項規定之違法。原判決所謂就上訴人提出之各項服務內容相關資料逐一比對審查，亦難認FCI Asia公司為上訴人提供之各項服務，與上訴人本業或附屬業務有何必然關聯云云，亦屬無據，而有判決不備理由及不適用行政訴訟法第189條第1項之違法。原判決就其所謂成本費用之核實認列，必須納稅義務人所支付之現金或債權，與取得之貨物、權利及勞務間有「一對一」之對應關係云云，未說明其依據，況原審自承其所謂「一對一」對應關係之具體程度，可視個案情節有所不同，惟該等主張之依據何在？認定標準為何？均未見原審加以說明，則顯有判決不備理由之違法。原審認為准許子公司分攤母公司之管理費用，將提供子公司規避我國稅捐之管道，故不應准許子公司分攤母公司之管理費用，顯有判決不備理由及不適用行政程序法第6條規定之違法。原判決一方面謂上訴人與FCI Asia公司實質上係同一經濟主體，他方面謂上訴人不得以分攤方式，攤付管理FCI Asia公司之費用，實有判決理由矛盾及不適用司法院釋字第420號解釋之違法。原審竟於查核準則所規定之要件外，增加須提示逐筆明細計算內容之要件，並以所謂上訴人未就其所給付予FCIAsia公司之服務報酬，提示逐筆之明細計算內容，否准系爭服務報酬按費用加以認列，實有適用查核準則第103條規定不當之違法。原判決一方面謂上訴人給付報酬予FCI Asia公司，並無不合營業常規之情形，他方面謂上訴人未能提供相關資料，致被上訴人無從對上訴人給付予FCI Asia公司之報酬，逐項加以查核，顯有判決理由矛盾之違法。原審否准系爭服務報酬按費用認列，致上訴人適用之實質稅率高達45%，較諸一般企業所適用之25%稅率，高出幾近50%，所造成之損害與所欲達成之目的顯失均衡，故原判決有不適用行政程序法第7條第3款規定之違法等語，或係重述其在原審業經主張而為原判決摒棄不採之陳詞，或係就原審取捨證據、認定事實之職權行使事項，任加指摘違誤，或係就原審所為論斷或駁斥其主張之理由，泛言原判決不備理由或理由矛盾及判決不適用法規、司法院釋字第420號解釋或適用不當，均非合法之上訴理由。 (三)、綜上所述，上訴論旨猶執前詞，指摘原判決違背法令，求予廢棄，為無理由，應予駁回。」 這一則判決顯然否認了母子公司間成本費用的關係，從這一判決其實暗藏了一些法律爭議。 後語：財政部於９８年９月１４日修正，查核準則第７０條增訂區域總部，上列母子公司間成本費用分攤問題，應可解決。
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