甲公司於民國90年間與國外公司簽訂合約，租賃境外儲油槽，給付該國外公司租金及管理費用。該租賃設備係位在新加坡、印尼等「境外」，該公司提供勞務地亦在「境外。台北市國稅局認為該項給付屬中華民國來源所得，以甲公司未依所得稅法第88條規定按給付額扣繳20%稅款為由，依所得稅法第114條第1款前段規定責令甲公司負責人補繳應扣未扣之稅款，並於10日內應補報扣繳憑單。某公司補繳稅款完畢，但辦理補報扣繳憑單時，因填報之所得項列為「租金」，不為台北市國稅局接受。台北市國稅局以未於責令期限內補報扣繳憑單為由，依據行為時所得稅法第114條第1款後段及稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表等規定裁罰，處以應扣未扣稅額三倍之罰鍰，致令甲公司僅因與外國公司間營業行為所引發所得稅法第八條中華民國來源所得認定規定之適用爭議，即須額外負擔原支付金額的80%。甲公司不服依法申請復查、提起訴願。惟就「限期責令補繳應扣未扣或短扣之稅款及補報扣繳憑單」之行政處分部分，案經台北市國稅局及財政部以因逾申請復查期間而遞以復查及訴願決定駁回。就此部分，雖經財政部訴願決定諭示得依稅捐稽徵法第二十八條規定請求但迄今尚未處分。而罰鍰部分，提起之復查、訴願及行政訴訟迭經決定、判決駁回。本件罰鍰部分歷經臺北高等行政法院95年度訴字第2220號判決及最高行政法院98年度判字第685號判決確定。經查最高行政法院確定終局判決，其適用行為時所得稅法第114條第1款：「扣繳義務人未依同法第88條規定扣繳稅款者，…，其未於限期內補繳應扣未扣或短扣之稅款，或不按實補報扣繳憑單者，應按應扣未扣或短扣之稅額處三倍之罰鍰。」維持臺北高等行政法院判決。行政法院第一審及第二審所持法律理由略以「所得稅法第114條第1款規定，應係指扣繳義務人未依所得稅法第88條規定扣繳稅款者，除須依稽徵機關所定期限內補繳應扣之稅款外，亦須『依期限』『按實』補報扣繳憑單，始得依同法第114條第1款前段處以1倍之罰鍰」，甲公司未依台北市國稅局責令期限內補報扣繳憑單，台北市國稅局按應扣未扣稅額處三倍罰鍰，於法並無不合云云為由。
修正前及現行所得稅法第114條第1款及行政法院第一審及第二審所持見解，關於甲公司未依同法第88條規定扣繳稅款，已於責令限期內補繳稅款但「未補報扣繳憑單」者，仍與「未補繳稅款」者同，均按應扣未扣或短扣之稅額處三倍之罰鍰（或三倍以下）之規定，顯然侵害人民受憲法第15條保障之財產權、第16條訴願權，且不符憲法第23條所定之比例原則，並違反憲法第7條平等原則、不當聯結禁止原則。
一、現行及修正前所得稅法第114條第1款俱違反憲法第15條、第16條賦予人民財產權、訴願權之保障
1. 人民之財產權應予保障，人民有請願、訴願及訴訟之權，法第15條、第16條定有明文。人民之自由及權利，除為防止妨礙他人自由、避免緊急危難、維持社會秩序或增進公共利益所必要者外，不得以法律限制之，以調合追求公益之必要及人民基本權利之保障，此乃憲法第23條之比例原則。
2. 按現行所得稅法第114條第1款規定：「扣繳義務人未依第八十八條規定扣繳稅款者，除限期責令補繳應扣未扣或短扣之稅款及補報扣繳憑單外，並按應扣未扣或短扣之稅額處一倍以下之罰鍰；其未於限期內補繳應扣未扣或短扣之稅款，或不按實補報扣繳憑單者，應按應扣未扣或短扣之稅額處三倍以下之罰鍰。」，稅捐主管機關依前段規定所實施之行政行為，人民雖可提起復查、訴願及行政訴訟，但因後段之強制規定，縱然依法原應無須補繳扣繳稅款，也迫於無奈須先繳納。又如所須繳納之稅款超出人民之支付能力，則人民更陷於須再受罰三倍稅款之困境。依本件與外國公司之交易為例，雖交易金額高達新台幣二千餘萬元，但此一交易發生時該外國公司就此一交易根本盈虧未卜，可是台北市國稅局即責令聲請人須補繳之金額高達四百餘萬元，且須在其短短的期限籌資全數繳納，連提供擔保等之轉圜餘地全無。上述違憲情節實與司法院釋字第224號解釋實無軒輊，均對人民之訴願權增加無必要之負擔。
3. 況且，上開台北市國稅局責令甲公司補繳稅款之處分確有下列違法情事：
(1)關於誤認系爭收入屬中華民國來源所得部分，違反所得稅法第3條第3項、第8條及財政部98.9.3台財稅字第09804900430號訂定之「所得稅法第8條規定中華民國來源所得認定原則」等規定；
(2)關於未適用所得稅協定關於課稅權歸屬之規定，違反「中華民國財政部賦稅署與新加坡共和國財政部內地稅署 關於避免所得稅雙重課稅及防杜逃稅協定」、「駐印尼臺北經濟貿易代表處與駐臺北印尼經濟貿易代表處避免所得稅雙重課稅及防杜逃稅協定」、「中華民國菲律賓共和國友好條約」，以及財政部於民國 99 年 01 月 07 日發布「適用所得稅協定查核準則」第11條、第12條等規定部分:
按「各類所得之課稅權歸屬，應依所得稅協定辦理。所得稅協定規定得由所得來源地國課稅者，居住地國亦得課稅，但應依該協定或其稅法規定消除重複課稅；所得稅協定規定僅由所得來源地國或居住地國課稅者，居住地國或所得來源地國應予免稅。」、「前條所得來源地之認定，所得稅協定有規定者，依其規定；其無規定者，依所得稅法及相關法令規定認定。」為財政部於民國 99 年 01 月 07 日發布「適用所得稅協定查核準則」第11條及第12條之明文規定。
查上開我國與新加坡之租稅協定下列約定：「
第六條（不動產所得）：
一、不動產所在地之領土得對該不動產之所得課稅。
二、稱「不動產」，應依該財產所在地之領土之法律界定之。此一名詞在任何情況下，均應包括附著不動產之財產、牲畜及供農業與林業所使用之設備，一般法律有關地產規定所適用之權利，不動產收益權、及對於礦產與其他天然資源之開採、或開採權所主張之變動性或固定性報酬之權利。船舶、小艇及航空器不應視為不動產。
三、第一項之規定應適用於不動產之直接使用、出租或以其他任何方式使用所產生之所得。
四、第一項及第三項之規定，均應適用於一企業之不動產所得，及用於提供執行業務使用之不動產所得。
第七條第一款關於營業利潤之規定：一方領土內之企業，除在他方領土內透過其常設機構從事營業外，其營業利潤應僅在該一方領土內可予課稅。如該企業如前所述透過其在他方領土內之常設機構從事營業者，該他方領土得就該企業之利潤課稅，但以僅對應歸屬該常設機構之利潤課稅為限。」
上開我國與印尼之租稅協定有下列約定：「
第六條（不動產所得）：
一 締約一方之國家之居住者自締約他方之國家境內之不動產取得之所得 (包括農林業所得) ，締約他方之國家得予課稅。
二 「不動產」應依該財產所在地國之法律規定，包括附著於不動產之財產、牲畜及供農林業使用之設備、適用一般法律規定有關地產之權利、不動產收益權、及對於礦產、資源與其他天然資源之開採、或開採權所主張之變動或固定報酬之權利。船舶、小艇及航空器不視為不動產。
三 直接使用、出租或以其他任何方式使用不動產所取得之所得，應適用第一項規定。
四 企業之不動產所得，及供執行業務使用之不動產所得，亦適用第一項及第三項規定。
第七條第一款（營業利潤）：締約一方之國家之企業，除經由其於締約他方之國家境內之固定營業場所從事營業外，其利潤僅由該締約一方之國家課稅。」
中華民國菲律賓共和國友好條約第七條： 「締約此方之國民在彼方領土內關於其身體財產之保護及安全，應與彼方國民享有同樣之待遇。締約此方之國民在彼方領土內，關於各項法律手續，司法事件之處理及租稅之徵收，應享受不低於所給予彼方國民之待遇。」
綜合上開租稅協定及條約規定，因外國公司在中華民國境內並無固定營業場所，且系爭租金及營業利潤等營業收入係歸屬於新加坡等各該國之固定營業場所，故僅新加坡等各該國有課稅權。質言之，聲請人公司給付該公司之儲油槽設備租金及管路清潔、停泊及裝卸設備之操作勞務費，依法應免予扣繳。
4.關於以給付額為基礎計算扣繳稅額部分，因未減除成本費用而有違反所得稅法第24條、所得稅法施行細則第31條及行政法院四十八年度判字第三九號判例等關於營利事業所得額計算之規定。
總而言之，系爭行政處分違法對於總機構在中華民國境外之營利事業就其非中華民國來源所得課稅，及就營業收入(即給付總額)未予減除成本費用以計算扣繳應納稅額。
二、所得稅法第114條第1款違反不當聯結禁止原則
所得稅法第114條第1款規定之處罰係以扣繳義務人違反第八十八條規定之扣繳稅款義務，及違反所得稅法第92條規定之申報扣繳憑單義務為構成要件。如扣繳義務人有應扣未扣或短扣稅款之情節，固然違反第八十八條規定之作為義務，但也僅止於違反行為義務而已，法無規定其須承擔納稅義務人之納稅義務，如實際並未扣取稅款，法也無應向國庫繳納之規定，此由第92條第1、2項前段之「將上一月內所扣稅款向國庫繳清」、「將所扣稅款向國庫繳清」規定反推可知。因此，所謂「責令補繳應扣未扣或短扣之稅款」之規定，等同是對應扣未扣或短扣稅款等違反行為義務之處罰，則上開條款規定之「按應扣未扣或短扣之稅額處一倍以下之罰鍰；其未於限期內補繳應扣未扣或短扣之稅款……應按應扣未扣或短扣之稅額處三倍以下之罰鍰」，係就同一違反行為義務，在無其他可歸責事由下，重複加重處罰。顯然不符由「法治國理念」、「法律保留原則」及行政法上之之「平等原則」、「比例原則」、「禁止恣意原則」等導出之不當聯結禁止原則。
此外，所得稅法第114條第1款還有違反比例原則及平等原則之疑義。
高雄高等行政法院判決略以，稅法上所謂「扣繳」，係指扣繳義務人應為納稅義務人之計算，從其向納稅義務人給付之金額中，扣留納稅義務人應繳之稅款，向稅捐稽徵機關繳納之「公法上行為義務」。是扣繳義務人係受稅捐機關公法上之法定委託而行使公權力，因此扣繳義務人有依法扣繳納稅義務人所得之權利；反之，扣繳義務人如有違反扣繳義務，即應依所得稅法第 114條之規定，負有賠繳責任之債及須受因違反公法上扣繳義務而處之行政罰處分。且所得稅法第88條規定扣繳制度，目的主要在使政府儘速獲得稅收、便利國庫資金調度、掌握課稅資料及減輕納稅義務人依此負擔鉅額稅款之壓力，屬稅法上作為義務規定，並不以發生損害或危險為其要件，扣繳義務人如有違反，依所得稅法第 114條之規定，即須受因違反公法上扣繳義務而處行政罰處分，
裁判字號： 97年判第 1016 號要旨： 所謂扣繳義務人，依稅法之規定，負有義務從其應向納稅義務人「給付」金額中，扣留納稅義務人「應繳」之稅款，然後為納稅義務人之計算，向稅捐機關繳納者（所得稅法第7條第5項規定參照）。公司之負責人即所得稅法第 89 條所稱之扣繳義務人，應依所得稅法第88 條第 1 項第 2 款規定於給付權利金時按規定之扣繳稅率扣取稅款，違法不為扣繳者，稅捐機關依所得稅法第 114 條第 1 款前段規定命扣繳義務人補繳應扣未扣稅款，其立法目的，在於稅捐客體隱藏於扣繳義務人應向納稅義務人給付之金額中，對於稅捐客體歸屬之人（納稅義務人）直接課徵，如不能經濟有效達到掌握稅源，完成稽徵任務，便有藉助扣繳義務人對納稅義務人負有給付義務之機會，採取「就源徵收」之必要，課對納稅義務人負有金錢給付義務者扣繳稅捐之協力義務，扣繳義務人不為扣繳者，稅捐機關依上開規定命扣繳義務人補繳應扣未扣稅款之行政處分，係為落實所得稅法規範就源徵收之目的，為執行符合法律要求之稅捐扣繳義務，並非行政裁罰，故其發動並不受制於是否有一個故意或過失違反行政法上義務之行為人可罰行為等偶發事件，本質上無從作為處罰方式。至於，稅捐機關針對扣繳義務人違反扣繳義務的行為，另依所得稅法第114 條第 1 款中段規定，處以罰鍰處分，即係對於違反扣繳義務且有故意過失者予以處罰。
最高行政法院 98.04.09. 九十八年度判字第三六六號判決：按所得稅法第 114 條第 1 款規定所謂「未於限期內補繳應扣未扣或短扣之稅款」，其中所指之「期限」，應以該款前段所指「限期責令補繳」處分之「限期」為準，與其補繳稅款在行政救濟之程序中，因有利於扣繳義務人之救濟結果出現，致稽徵機關須遵照訴願決定或裁判之內容，重新檢附繳款書之程序性處理，分屬二事。換言之，扣繳義務人既仍有補報補繳義務，原處分限期補報補繳之效力並不因行政救濟而改變或停止。重新檢附繳款書並另定繳款期限，並不會變更扣繳義務人於第一次受限期補繳補報而未補繳補報之事實。
一審判決：本件原核定命被上訴人應於90年11月21日至90年11月30日止之10日期間內，繳納52,652,890元，並於繳納後10日內填具扣繳憑單，辦理扣繳憑單申報手續之原處分，已為上訴人嗣後另行依訴願決定意旨，重核復查決定變更核定應扣繳稅款為29,012,575元（兩者命繳納之金額差距高達2千3百餘萬元），並檢附繳款書（已更正應繳納金額為29,012,574元，繳納期間93年12月16日至93年12月25日止；惟並未另行發函通知補繳稅款及補報扣繳憑單）之處分所取代，本於行政自我拘束原則，上訴人自應於所定繳納期間屆滿後，如被上訴人仍未依限繳納，再依前揭所得稅法第114條第1款後段規定，處以應扣未扣稅額3 倍之罰鍰，詎上訴人竟於所定繳納期限尚未屆滿前，以被上訴人未依限補繳及補報，援引所得稅法第114條第1款後段之規定，於93年12月14日以財北國稅中南財字第15093103762號函，檢附罰鍰處分書及違章案件罰鍰繳款書，按應扣未扣稅額，處被上訴人3倍罰鍰87,037,722元，，容有違誤，故應將訴願決定及原處分（即復查決定），均予撤銷，由上訴人另為適法之處理。
後語:大法官解釋於99年3月26日作成釋字第 673 號解釋：「所得稅法第一百十四條第一款後段，有關扣繳義務人不按實補報扣繳憑單者，應按應扣未扣或短扣之稅額處三倍之罰鍰部分，未賦予稅捐稽徵機關得參酌具體違章狀況，按情節輕重裁量罰鍰之數額，其處罰顯已逾越必要程度，就此範圍內，不符憲法第二十三條之比例原則，與憲法第十五條保障人民財產權之意旨有違，應自本解釋公布之日起停止適用。有關機關對未於限期內按實補報扣繳憑單，而處罰尚未確定之案件，應斟酌個案情節輕重，並參酌稅捐稽徵法第四十八條之三之規定，另為符合比例原則之適當處置，併予指明。」
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